Платить НДФЛ с аванса нужно тогда, когда его выдают в последний день месяца, а зарплату 14-15-го. Ведь в этой ситуации можно посчитать месячный доход и налог.
Во всех остальных случаях налог перечисляют в бюджет только после того, как работник получит вторую часть зарплаты. Даже если из аванса в середине месяца компания удержит НДФЛ, перечислять налог раньше времени не нужно.